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La laguna, la più estesa della Sicilia (2000 ha) è, fin dal 1984, una Riserva Naturale Orientata che si estende, nel mare, nel tratto compreso tra Punta Alga e Capo S. Teodoro. E caratterizzata da acque basse molto salate, cosa che ha favorito il sorgere di numerose saline sia sulla costa che sull'isola Longa, una volta la principale attività dell'isola, oggi in disuso.
La laguna comprende quattro isole: l'isola Longa, la più grande. Santa Maria, coperta di vegetazione. San Pantaleo, la più importante, e Schola. un isolotto caratterizzato da casolari scoperchiati che gli conferiscono un'aria di suggestiva decadenza.
Tra le specie floreali più importanti troviamo il pino d'Aleppo, la palma nana, la canna di bambù (Isola Grande), la Calenduia maritima, che in Europa cresce solo qui e in Spagna, la salicornia (dal fusto carnoso), la Scilla Marittima, dai fiori bianchi stellati, il giglio marino ed i giunchi. Le isole sono anche popolate da molte specie di uccelli tra cu.i allodole, cardellini, gazze. fratini e calandre.
Le acque dello Stagnone, molto pescose, sono popolate da una fauna molto ricca tra cui anemoni, fiocchi di mare, murici, da cui i Fenici ricavavano la porpora utilizzata per tingere i tessuti, e una quarantina di specie ittiche differenti tra cui spigole, orate, saraghi e sogliole, Il fondale è invece caratterizzato dalla presenza della Posidonia oceanica, pianta marina formata da un ciuffo di lunghe foglie verdi con al centro fiori riuniti in spighe. Questa pianta è uno degli elementi primordiali della vita nelle acque del Mediterraneo e svolge un ruolo molto simile a quello delle foreste terrestri: habitat per le specie animali e vegetali, fonte di ossigeno e stabilizzatore dei fondali marini.